やっぱり間違えてた(´・ω・`)

　なんかバージョンを変えたら解決しました。
　最初に試してた奴のバージョンは 1.99_06、今回のが 0.88。
　どうも新しいのは Perl 5.8.* で追加された Encode モジュールのラッパみたいで、一応 Jcode 0.88 相当のコードは含まれてる物の内部構造が大幅に変わってる模様。古いコードを Jcode::_Classic に押し込めたおかげでおかしな事になった様です。
　つーことで、同じような罠に引っかかってここにきた人、Jcode 0.* に差し替えましょう(´・ω・`)